Der Sportunterricht am Ernst-Abbe-Gymnasium wird koedukativ in der 2013 vollständig sanierten Sporthalle auf dem Schulgelände und der 2016 sanierten Jahnhalle unterrichtet. In den Sommermonaten erfolgt die Nutzung des Sportplatzes am Maybachufer sowie des Innplatzes an der Sonnenallee.
Im Sportunterricht der Mittelstufe wird viel Wert auf das soziale Lernen gelegt. Der Unterricht wird mehrperspektivisch ausgerichtet, um eine große Zahl an Schülerinnen und Schülern anzusprechen.
Wie auch im schulinternen Curriculum verankert wird großer Wert auf den Kompetenzerwerb in folgenden Bereichen gelegt:
In der Mittelstufe wird auf eine ausgewogene Ausbildung in einer Vielzahl von Themenfeldern geachtet.
Dazu gehören unter anderen Leichtathletik, Turnen, Akrobatik, Ballsportarten (wie Basketball, Volleyball, Handball und Fußball), Badminton, Fitnesssport, Tanz und Gymnastik. Aber auch Sportarten wie Kickball, Flagfootball oder Touch-Rugby werden vermittelt.
In der zweijährigen Q-Phase werden folgende Sportarten angeboten:
Leichtathletik, Basketball und Fußball (jeweils Mädchen und Jungen getrennt), Handball, Volleyball, Badminton, Tischtennis, Gymnastik-Tanz, Schwimmen, Fitnesssport, Judo sowie Rudern.
Neben dem regulären Unterricht unterstützt das Sportkollegium die Schülerinnen und Schüler auch im Wettkampfsport. So nehmen wir jährlich am Waldlauf der Neuköllner Schulen im Britzer Garten teil, stellen ein starkes Team bei den Neuköllner Leichtathletik-Meisterschaften, starten regelmäßig im Berliner Crosslauffinale und Staffelfinale der Berliner Schulen. Ausdauerläufe wie der AVON Mädchenlauf und Mini-Marathon im Tiergarten stehen auch jährlich im Terminplan.
Die Basketballer*innen der Schule nehmen regelmäßig an unterschiedlichen Wettkämpfen teil.
Die Ruderer*innen starten auf Regatten im Jahresverlauf.
Die größten Erfolge feiert die Tischtennis-AG. Es ist nicht nur mit über 40 Jahren (ohne Unterbrechung) eine der ältesten AGs in Berlin, sondern auch mit 30 Landessiegertiteln bei „Jugend trainiert für Olympia“ eine der erfolgreichsten. So standen auch 2016 wieder zwei Teams im Bundesfinale und belegten Plätze im Mittelfeld.
In den vergangenen Jahren erzielten Schüler und Schülerinnen auch außerhalb des Schulsports große Erfolge
und vertraten teilweise sogar Deutschland als Jugendnationalspieler*innen in Sportarten wie Wasserball, Ringen, Kickboxen und zuletzt wieder einmal im Fußball bei der U17-WM und der
U17-EM.